Fase 1 - Genosha
Esta fase é dividida em cinco estágios, um para cada personagem, os chefes desta fase são sentinelas os robôs assassinos de mutantes, com exceção nas fase de Gambit e Ciclope.
Wolverine: Pegando as três placas com X, você ganha uma vida extra. Para pegar o primeiro, suba na plataforma, e depois aperte baixo + Y. Para encarar o robô escale a parede, Não adianta bater quando a lataria estiver piscando.
O segundo X esta embaixo de um disco. Depois de pegá-lo, suba novamente no disco e pule para a coluna vertebral para pegar o terceiro.
Sentinela: A posição do inimigo é de assustar. Ataque somente a cabeça e desvie dos lasers, use o laser do sentinela para destruir os outros adversários.
Ciclope: Ciclope não luta muito bem, evite ficar cercado. Use a rajada ótica nos caras da esquerda e depois nos da direita.
Trem: Para destruir o trem, primeiro destrua a parte do trem que lança bombas, depois fique bem perto de um dos cantos do trem que você deve destruir e aperte para cima + Y, ou use a Rajada Ótica
Psylocke: O primeiro X desta fase esta bem em cima da porta. Ataque os guardas apertando baixo + Y para ganhar altura.
O subchefe é um robô parecido ao que Wolverine enfrentou, porem mais difícil, ataque e desvie da sua bola de espinhos. Quando o robô vier com tudo, abaixe.
Sentinela: Acerte voadoras e desvie dos raios que saem de seus olhos.
Gambit: Esta é uma fase fácil. A única dificuldade aqui e pegar o terceiro X, pule no guindaste, e no momento certo pule no X.
Helicóptero: Primeiro destrua os lasers atirando cartas para cima. Depois é só entrar no helicóptero e detonar todo mundo.
Fera: Assim como a fase do Gambit, esta fase também é simples, a única complicação é o sub chefe. Fique de ponta cabeça e encha ele de porrada, quando ele ameaçar correr pule no terceiro cano. Quando ele pular pule no segundo.
Sentinelas: Os chefes aqui são três sentinelas pequenos, basta dar bundadas em todos eles, e se desviar dos lasers.
Fase 2 - Acampamento da Ninhada
Os melhores personagens para se usar nesta fase são aqueles que atiram projeteis, ou seja Gambit e Ciclope. Esta fase não apresenta grandes dificuldades, com exceção da ninhada que não para de encher o saco, e do chefe. A Rainha...
Entre na caverna destruindo ou desviando dos insetões. Quando chegar em uma parte que tem vários ovos destrua-os com as rajadas óticas de Ciclope, ou a cambalhota de Gambit.
A Rainha da Ninhada: Antes de tudo destrua o tentáculo e os insetos que virão para cima de você, com a rajada ótica, ou com as cartas. Depois pule e atire na cabeça dela (se você estiver com Ciclope) ou fique embaixo dela e atire cartas pra cima (se você estiver com Gambit).
Fase 3 - Tusk
Esta é uma fase simples, com um chefe muito complicado. Mais uma vez os melhores são Ciclope e Gambit, mas usar o Wolverine também é uma boa.
Destrua todos os anões, e vá até o final do corredor para encarar o chefe.
Tusk: Atire nele sempre que ele vier para cima de você, ou parta pra cima com as garras de Wolverine (frente frente + Y). Tente joga-lo na lava, para fazê-lo perder mais energia.
Fase 4 - Fortaleza de Apocalipse
A melhor opção é Wolverine, pois é o único que tem um atalho na fase.
Corra da lava, quebrando a porta com o encontrão com garra (também é possível passar por baixo). Quando achar uma abertura no teto, pule na parede e suba pelo buraco, você ficara livre da lava. Mais tarde você terá que fugir da lava mais uma vez, mas desta vez para o alto, vá destruindo todos os soldados. Quando chegar no topo você enfrentara Apocalipse.
Apocalipse: Desvie de seus ataques e espere-o teletransportar para perto de você de o encontrão com as garras, quando ele estiver com espinhos, espere-o cessar o ataque, e destrua-o.
Fase 5 - Sala de Perigo: Omega Vermelho
Ciclope e Gambit são mais uma vez os mais indicados para destruí-lo. Enfrente-o de longe atirando sempre e desviando de seus tentáculos é fácil.
Fase 6 - Sala de Perigo: Fanático
Wolverine e Fera são os melhores aqui, mas os outros três personagens também são uma boa. Utilize os pilares do cenário para se proteger e ataque a parte inferior do cara. Fique esperto para ele não te pegar e te dar um chacoalhão. Se você for meio louco, também pode dar um encontrão nele enquanto ele der o encontrão dele.
Fase Final - Asteróide M
Cada personagem tem uma fase diferente, mas ao contrario do primeiro estagio não é preciso terminar todas. As fases mais fáceis são a de Wolverine e de Gambit, e também porque eles são os melhores para encarar o Magneto, por isso vamos detonar os sub chefes dos dois.
Exodus: O primeiro desafio e Exodus, servo de Magneto, ele se teleporta para todos os lados, alguma cartas, e pauladas e garras resolvem o caso, mas fique esperto com o agarrão dele.
Holgramas X-Men (Gambit): Com Gambit você enfrenta hologramas dos demais X-Men, contra Psylocke e Fera tome apenas cuidado com os ataques deles e atire cartas para todos os lados. Contra Ciclope desvie das rajadas, e atire cartas, ou dê pauladas. O problema é Wolverine, pois suas cartas não o alcançam. Fique ligado com seu Dragon Punch, e abuse das cambalhotas. Atirar três cartas, ou atirar uma carta enquanto ele der um Dragon Punch é uma boa estratégia.
Maquina Gravitacional (Wolverine): Pule nas plataformas que giram ao redor e acerte o centro.
Magneto: Depois de encarar seus respectivos subchefes, Wolverine e Gambit vão encarar o toda poderoso Magneto. Com Wolverine, espere magneto atrair os metais e joga-los, quando isso acontecer de um encontrão nos metais, pule e dê um golpe. Com Gambit espere os metais virem espere o momento certo e dê uma cambalhota neles. Fique bem embaixo de Magneto e atire cartas para cima.
Pronto os X-Men, salvaram o mundo mais uma vez, e se nenhum X-Man perdeu todas as vidas durante o jogo ou se você não usou passwords, poderá ver o final completo.
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