1ª Fase
Você poderá escolher entre 5 jogadores de nível 1: Tristan Taylor, Tea Gardner, Yugi Muto, Joey Wheeler e Bakura Ryou,então você terá que vencer 2 vezes cada personagem para passar pra próxima fase,nesse nível você deve conseguir o máximo de cartas fortes,como mago negro,cartas que aumentam ataque e defesa e que bloqueiam magias.
2ª fase
Agora você esta na 2ª fase utilize R ou L para ver os novos personagens jogaveis eles são: Espa Roba, Mako Tsunami, Rex Raptor, Weevil Underwood e Mai Valentine. Na 2º fase será um pouco mais difícil de vencer, mas se você ainda não estiver preparado, você pode voltar na 1ª fase para adquirir as cartas boas que citei acima e outras médias ,para passar para a próxima fase você precisa vencer 3 vezes cada personagem,mas cuidado com as cartas que transformam o ambiente de jogo para água,deserto e ar.
3º fase
Nessa fase você irá encontrar os oponentes ainda mais fortes: Umbra e Lumis, Arkana, Rare Hunter, Strings e Marik Ishitar. Umbra e Lumis se defendem muito bem, tanto que possuem o escudo milenar e o labirinto (3000def) essa luta é muito demorada.
Arkana é meio complicado ele tem 2 dark magician e 1 dark magician girl. Você terá que tomar muito cuidado com o Rare Hunter, porque o deck dele possuí o Exodia e então você precisa vence-lo rapidamente, sem enrolar na partida,ele usará todas cartas para embaralhar o baralho e pegar as cartas de Exodia. Para passar para a próxima fase, você terá que vencer 4 vezes cada personagem.
4ª fase
Nessa fase você irá encontrar os oponentes que possuem as relíquias milenares: Yami Bakura, Shadi, Ishizu Ishitar, Kaiba e Yami Yugi. Você verá algumas surpresas de todos os personagens, então tome cuidado. Para passar para a última fase, você terá que vencer 5 vezes cada personagem.
Última fase
No começo você verá apenas o Duel Computer, mas se você pegar a carta Toon World, você irá abrir o Maximillion Pegasus. E se você vencer o 1st Championship em Novembro você irá abrir o Simon. E depois de vencer o Simon você irá abrir o vovô. Assim você irá terminar o jogo e conseguir todas as cartas do jogo.
Os boosters secretos
Fase 1
Boosters iniciais: Dark Magician, Mystical Elf, Red Eyes Black Dragon
Vencer 10 batalhas nessa fase: Judge Man
Derrotar 10 vezes todos dessa fase: Harpy Lady
Derrotar 20 vezes Yugi Mutou: Blue Eyes White Dragon
Derrotar 20 vezes Joey Wheeler: Exodia
Fase 2
Booster Inicial: Tiger Axe
Vencer 10 batalhas dessa fase: Gate Guardian Pieces
Derrotar 10 vezes todos dessa Fase: Great Moth
Derrotar 20 vezes Mako Tsunami: Gemini Elf
Derrotar 20 vezes Mai Valentine: Launcher Spider
Fase 3
Booster Inicial: Garoozis
Vencer 10 batalhas nessa fase : Relinquished
Derrotar 10 vezes de todos dessa fase: Black Luster Soldier
Derrotar 20 vezes Marik Ishitar: Blue Eyes Toon Dragon
Derrotar 20 vezes de Umbra e Lumis: Battle Ox
Fase 4
Booster Inicial: Blue Eyes Ultimate Dragon
Vencer 10 batalhas nessa fase: Millennium Puzzle Blue
Derrotar 10 vezes todos nessa fase: Millennium Puzzle Green
Derrotar 20 vezes Kaiba: Millennium Eye
Derrotar 20 vezes Yami Yugi: Buster Blader
Fase 5
Derrotar Simon 1 vez: Millennium Puzzle Gold
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